Portugal membuat persiapan untuk pembicaraan lebih lanjut dengan dan di antara mereka.
Namun situasinya menjadi lebih kompleks ketika pada November 1975 MAC memproklamasikan integrasi Timor Timur dengan Indonesia.
Pada 28 November 1975 FRETILIN memproklamasikan Republik Demokratik Timor Timur (RDTL).
Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB) tidak menganggap proklamasi ini sebagai pelaksanaan hak penentuan nasib sendiri bagi Timor Leste.
Beberapa hari kemudian, pada tanggal 7 Desember 1975, pasukan militer Indonesia memasuki Timor Leste. Keesokan harinya, pemerintahan Portugis menarik diri dari Atauro.
Kenaikan Fretilin di daerah yang bersebelahan dengan wilayah Indonesia membuat khawatir Pemerintah Indonesia, yang menganggapnya sebagai gerakan yang mengancam.
Menyusul seruan dari beberapa lawan Fretilin di Timor, pasukan militer Indonesia melakukan intervensi di Timor Timur dan mengalahkan pasukan reguler Fretilin pada tahun 1975-1976.
Puncak dari proses ini adalah likuidasi "zonas de apoio" (basis logistik) FALINTIL di Gunung Matebian pada bulan Desember 1978.
Operasi Seroja dimulai dengan penyerahan besar-besaran kader dan pemimpin Fretilin, dan berpuncak pada pembunuhan Fretilin (dan RDTL) presiden Nicolau Lobato.