Hubungan itu bergema di bidang bisnis dan budaya.
Australia menjadi penyedia perguruan tinggi terbesar bagi pelajar Indonesia.
Kedua negara merundingkan dan menandatangani Perjanjian Celah Timor, menyetujui untuk mengukir hak eksplorasi minyak di Selat Timor seluas 61.000 km persegi yang memisahkan barat laut Australia dan pulau Timor.
Dan selama krisis keuangan Asia baru-baru ini, Australia menyediakan 1 miliar dollar Australia untuk membantu menyelamatkan Jakarta.
Namun, mereka tidak dapat menyelamatkan sekutu lama mereka, Presiden Suharto.
Ketika Indonesia jatuh ke dalam kekacauan yang dipicu oleh kerusuhan yang dimulai sebagai protes atas memburuknya ekonomi tetapi dengan cepat berkembang menjadi tuntutan demokrasi, Suharto mengundurkan diri.
Namun hubungan antara Canberra dan Jakarta, yang tidak memproyeksikan Australia dalam kondisi yang baik, tentu saja memberikan pengaruh tertentu bagi Australia.
Tekanan untuk pindah haluan ke Timor Timur dilakukan oleh penerus Soeharto, BJ Habibie.
Pada bulan Januari, dia membuat pengumuman mendadak bahwa rakyat Timor Timur akan diizinkan untuk memilih tentang masa depan mereka.