Bertemu dengan Gus Dur, Haaretz mengemukakan beberapa hal, pertama : "Anda dikenal Israel sebagai teman. Ini sangat tidak biasa bagi pemimpin Islam."
Gus Dur pun menjawab, "Saya kira ada persepsi yang salah bahwa Islam tidak sependapat dengan Israel. Ini disebabkan oleh propaganda Arab."
"Kita harus membedakan antara Arab dan Islam. Beberapa orang di Indonesia mengklaim bahwa saya adalah antek untuk Barat, tetapi Fakta bahwa saya semakin populer sepanjang waktu menghilangkan gagasan ini, dan menunjukkan bahwa ini adalah pandangan hanya dari segelintir minoritas elit."
"Saya selalu mengatakan bahwa Cina dan Uni Soviet tidak bertuhan, memiliki ateisme sebagai bagian dari konstitusi mereka, tetapi kami memiliki hubungan jangka panjang dengan kedua negara ini. Jadi Israel memiliki reputasi sebagai bangsa yang menjunjung tinggi Tuhan dan agama maka tidak ada alasan kami harus melawan Israel."
Bahkan sebelum menjabat sebagai Presiden Indonesia Gus Dur telah berulang kali melakukan hubungan dengan Israel.
Sebagai seorang pemikir yang istimewa dan orisinal, keterlibatan pribadi Gus Dur dengan pemikiran Yahudi menyebabkan dia bereaksi kritis terhadap gagasan simplistik dan prasangka tentang Israel dan Yahudi yang dia temui dalam masyarakat Muslim.
Akibatnya, selama tiga puluh tahun terakhir ini dia telah menentang pemikiran anti-Semit dan ketidaktahuan tentang Israel dan Yudaisme.
Dia telah melakukan banyak kunjungan ke Israel, yang paling awal terjadi pada tahun 1980.
Dia juga dengan cepat menerima undangan Pers untuk mengunjungi Israel pada bulan Oktober 1994 dan kemudian pada bulan Maret 1997 untuk bergabung dengan Dewan Gubernur Pusat Perdamaian Shimon Peres.
Juga tidak mengherankan jika kritik tentang pro-Zionis oleh Amien Rais yang menjabat sebagai pemimpin Muhammadiyah, dan komentar negatif dari Menteri Luar Negeri Ali Alatas kala itu.
Yang luar biasa adalah bahwa terlepas dari kontroversi yang meletus setelah kunjungannya pada bulan Oktober 1994, Gus Dur masih terpilih untuk masa jabatan lima tahun ketiga sebagai ketua eksekutif NU hanya beberapa minggu setelah kembali dari Israel. Afif Khoirul M