Bukan semata karena label teroris
Namun, belakangan terungkap bahwa ancaman terhadap orang Jawa yang dilontarkan oleh KKB bukan semata didasari oleh label teroris yang diberikan kepada mereka.
Ada sebuah kebijakan yang telah diambil lebih dari satu abad lalu yang telah memulai perselisihan antara Orang Asli Papua (OAP) dengan masyarakat pendatang.
Kebijakan yang dimaksud tidak lain adalah program kolonialisasi yang dimulai sejak zaman Belanda.
Program tersebut ke Papua, yang umumnya diisi oleh penduduk asal Pulau Jawa, dimulai Belanda atas dorongan untuk memenuhi kebutuhan pangan para pegawai Belanda.
Selanjutnya saat akhirnya Papua berhasil direbut oleh Indonesia, program ini masih tetap berlangsung, namun dengan istilah lain, yaitu transmigrasi.
Program ini terus berjalan sepanjang Soeharto berkuasa dan baru terhenti setelah Sang Jenderal lengser.
Penghentian program transmigrasi dari Jawa ke Papua secara resmi dihentikan pada tahun 2000, setelah muncul penolakan besar-besaran dari OAP, terutama setelah meletusnya konflik di Sampit, Kalimantan.