Sedangkan wakilnya dimenangkan oleh Megawati Soekarnoputri.
Kemudian dilantik pada 21 Oktober 1999.
Setelah menjabat, pemerintah Gus Dur memiliki beberapa kebijakan politik, yaitu:
- Departemen Penerangan dibubarkan, dianggap mengganggu kebebasan pers.
- Departemen Sosial dibubarkan, dianggap sebagai sarang korupsi
- Mentetujui penggantian nama Irian Jaya pada Desember 1999 menjadi Papua
- Masyarakat etnis Tionghoa diperbolehkan beribadah dan merayakan Imlek
- Pencabutan peraturan mengenai larangan terhadap PKI dan penyebaran Marxisme dan Lenisme
- Membekukan MPR dan DPR
Pada masa pemerintahan Gus Dur, kondisi perekonomian Indonesia mulai membaik dibandingkan era sebelumnya.
Namun, ternyata tidak semua kebijakan Gus Dur disenangi.
Banyak pihak yang menganggap kebijakan Gus Dur terlalu sering menuai kontroversi.
Sehingga mengakibatkan kredibilitas Gus Dur perlahan-lahan menurun.