Pemerintahannya disebut kabinet reformasi pembangunan.
Pemerintahan tersebut mengeluarkan berbagai upaya di bidang politik, di antaranya:
- Kebebasan rakyat dalam menyalurkan aspirasi
- Melakukan pencabutan terhadap pembredelan pers
- Mengganti lima paket undang-undang dan tiga di antaranya diubah menjadi lebih demokratis
- Jejak pendapat wilayah Timor Timur
- Memberikan abolisi kepada 18 tahanan dan narapidana politik (orang-orang yang mengkritik presiden)
- Pengurangan jumlah anggota ABRI di MPR dari 75 orang menjadi 38 orang
- Polri dipisahkan dari ABRI menjadi Kepolisian RI dan ABRI menjadi nama TNI.
Selanjutnya upaya di bidang ekonomi sebagai berikut:
- Merekonstruksi perekonomian nasional
- Membentuk Badan Penyehatan Perbankan Nasional
- Merekapitulasi perbankan dan menurunkan inflasi
- Melikuidasi bank yang bermasalah
- Menaikkan nilai tukar rupiah terhadap dollar AS hingga di bawah Rp 10.000
- Mengesahkan UU No.5 tahun 1999 tentang larangan praktik monopoli atau persaingan tidak sehat
- Mengesahkan UU No 8 tahun 1999 tentang perlindungan konsumen.
Meski di era Presiden Habibie ekonomi terselamatkan, MPR menolak laporan pertanggungjawabannya.
Oleh sebabnya yang berikutnya memimpin adalah Gus Dur.
Ia mulai memimpin dari 1999 sampai 2001.