Dikutip dari lama resmi TNI, pada Oktober 1990, KRI Nanggala menjalankan misi intelijen di Timor Leste.
Kapal selam ini bertugas bersama KRI Cakra untuk melacak pergerakan Pasukan Internasional untuk Timor Timor (INTERFET).
Kemudian pada 2004, KRI Nanggala yang bertugas di Samudera Hindia berhasil menenggelamkan KRI Rakata, kapal tunda samudera buatan tahun 1942.
Itu dilakukan dengan torpedo SUT dalam Latihan Operasi Laut Gabungan (Latopslagab) XV/04.
Pada 2005, KRI Nanggala mencatatkan sepak terjangnya dengan bertugas untuk menjaga kawasan konflik Indonesia dengan Malaysia.
Pada 8 April 2005 terjadi sebuah konflik blok Masela.
Ketika itu, KRI Tedong Naga (819) dari Indonesia terpaksa harus menyeret Kapal Diraja Rencong milik AL Malaysia di Kalimantan Timur.
Itu dilakukan karena Kapal Diraja Rencong milik Malaysia melakukan manuver-manuver yang membahayakan pembangunan mercusuar Karang Unarang di kawasan tersebut.