Ia terlibat dalam operasi militer dalam negeri maupun di luar negeri.
Beberapa operasi militer yang ia ikuti adalah penumpasan pemberontakan Operasi Dwikora Bersama Kapten KKO Winanto, PRRI/Permesta, DI/TII, G30S/PKI, RMS hingga Operasi Tempur di Aceh dan Operasi Seroja di Timor Timur.
Salah satu pengalamannya adalah ketika penugasan periode Konfrontasi Indonesia dengan Malaysia.
Ia pernah ditawan dan disiksa oleh tentara musuh.
Beliau disebut pernah disidang sebanyak 42 kali, dan mengalami berbagai jenis interogasi dari pihak musuh.
Belum selesai, Djoni kemudian dituntut pasal 57 section 1 dalam berupa vonis hukum gantung dari Inggris.
Namun nasibnya terselamatkan karena pada 28 Mei 1966 diadakan konferensi di Bangkok, Thailand.
Konferensi tersebut mengumumkan perjanjian damai antara Indonesia dan Malaysia.