Araujo sebelumnya dipecat dari Kongres untuk hubungan antagonisnya dengan China, tidak hanya menjadi mitra dagang penting tapi juga penyuplai utama bahan mentah untuk vaksin yang dipakai di Brasil.
Namun pergantian meluas membuat semuanya terkejut, terutama keputusan Bolsonaro untuk menggantikan mantan menteri pertahanan, pensiunan Jenderal Fernando Azevedo e Silva.
Hubungan telah tumbuh dengan tegang beberapa minggu belakangan dan dalam pengunduran dirinya, Azevedo e Silva merujuk mengatakan ia telah "melestarikan Angkatan Bersenjata sebagai institusi negara."
Menteri komunikasi Bolsonaro, Fabio Faria, bersikeras pergantian personil terbaru tidak menunjukkan guncangan besar.
"Tidak ada perubahan di posisi dalam hubungannya dengan angkatan bersenjata," ujarnya kepada CNN Brasil.
"Presiden adalah pria militer dan hubungannya dengan militer sangatlah dekat."
Faria menambahkan akan ada "perubahan harmonis" saat pemimpin komando baru ditunjuk.
Secara tradisional presiden menunjuk pemimpin komando dari deretan nama yang disediakan oleh angkatan bersenjata.