Kementerian itu menambahkan, pembukaan kantor diplomatik tersebut merupakan pelanggaran yang sangat mencolok di mata hukum internasional.
Pembukaan kantor diplomatik itu juga dianggap membahayakan prospek perdamaian ke depan.
Di Mesir, Sekretaris Jenderal Liga Arab Ahmed Aboul Gheit mengatakan bahwa Yerusalem Timur adalah tanah yang diduduki di bawah hukum Internasional.
Di sisi lain, Kementerian Luar Negeri Republik Ceko menuturkan bahwa kantor diplomatiknya di Yerusalem bukanlah kedutaan.
Pembukaan kantor itu dimaksudkan untuk memperkuat kemitraan strategis antara Republik Ceko dengan Israel dan meningkatkan layanan bagi warga Ceko di sana.
"Pembukaan kantor tersebut tidak berdampak pada keinginan Republik Ceko untuk lebih mengembangkan hubungan politik dan ekonomi dengan Otoritas Palestina," kata Kementerian Luar Negeri Republik Ceko.
Status Yerusalem adalah salah satu masalah paling pelik dalam konflik Israel-Palestina yang telah berlangsung selama puluhan tahun.
Israel mencaplok bagian timur kota kuno itu dalam sebuah aksi yang tidak diakui secara internasional, lalu menganggap seluruh Yerusalem sebagai ibu kotanya.