Pena Nieto menjabat selama 6 tahun hingga Desember 2018. Beberapa anggota kabinet dan partainya telah terlibat dalam kasus korupsi tingkat tinggi, terkadang melibatkan tuduhan terkait dengan kejahatan terorganisir.
Di bawah kepemimpinan Cienfuegos, tentara dituduh melakukan pembunuhan di luar hukum, termasuk pembantaian Tlatlaya 2014, di mana 22 anggota geng narkoba dieksekusi.
Pada September, surat perintah penangkapan telah dikeluarkan di Meksiko, untuk para tentara yang terlibat dengan penculikan dan dugaan pembantaian 43 siswa pada 2014 di sebuah kota yang terkenal dengan perdagangan heroin.
Angkatan bersenjata telah mengambil peran yang semakin menonjol dalam memerangi kejahatan di Meksiko, dan umumnya dianggap kurang rentan terhadap kasus korupsi dibandingkan dengan pasukan polisi sipil.
Unsur Angkatan Darat di negara bagian utara Sinaloa telah lama dikabarkan memiliki hubungan dengan kartel narkoba, yang sebelumnya dipimpin oleh Joaquin "El Chapo" Guzman, sekarang di penjara AS.