Melansir japantimes.co.jp (2/6/2006), kerusuhan dimulai ketika para tentara, yang sebagian besar berasal dari bagian barat negara itu, meninggalkan jabatan mereka.
Alasannya karena mereka merasa telah didiskriminasi dan bahwa sebagian besar pemimpin militer datang dari timur.
Pembagian geografis ini juga mencerminkan perpecahan antara orang Timor yang menyukai kemerdekaan dan yang menentangnya.
Sebuah serangan terhadap polisi tak bersenjata mengungkap kekosongan keamanan di Dili.
Kekacauan menyebabkan sedikitnya 30 orang tewas, lebih dari 50 terluka dan puluhan ribu kehilangan tempat tinggal dan mencari perlindungan di tempat penampungan.
Sementara itu, menurut Japan Times, ada dimensi lain dari krisis Timor, yaitu politik dalam negeri.
Perdana Menteri Alkatiri lemah. Dia menjabat setelah para pemimpin Timor yang paling terkenal dan lebih karismatik meninggalkan partai Fretilin.