Semua orang itu kemudian ditembak di bawah perintah Letnan Calley yang juga ikut menembak para tahanan tersebut.
Sementara itu, anggota peleton kedua membunuh setidaknya 60-70 warga desa saat mereka menyisir sisi utara My Lai dan masuk ke dusun Bihn Tay, yang berjarak 400 meter di sebelah utara My Lai.
Karena Kompi Charlie tidak menemukan perlawanan di My Lai dan tak meminta bantuan maka Kompi Bravo didaratkan di lokasi yang berjarak 5 kilometer dari My Lai.
Mereka kemudian menyerang dusun Co Luy yang dalam peta militer AS disebut sebagai My Khe.
Dalam serangan ini, sebanyak 60-155 orang warga, termasuk perempuan dan anak-anak, tewas.
Kabarnya, pembantaian ini berakhir hanya ketika Sersan Mayor Hugh Thompson, seorang pilot, mendaratkan helikopternya di antara tentara AS dan warga Vietnam yang berlarian.
Dia kemudian menghadang rekan-rekannya dan mencegah mereka melanjutkan pembunuhan terhadap warga desa yang tak berdosa itu.
AD Amerika Serikat mencoba menutupi pembantaian itu yang kemudian baru diketahui publik pada November 1969 dan langsung memicu kemarahan luas.