Ada tanah sempit yang menghubungkan tanah pelataran Borobudur itu dengan ujung tanah, tempat diketemukannya sisa-sisa bekas biara kuno di sebelah barat laut Borobudur.
Meskipun demikian bila Borobudur itu dilihat dari jauh, dari arah tertentu, akan masih tampak seperti berdiri di atas pulau ditengah-tengah danau.
Dari gambar rekonstruksi danau itu, bisa pula kita lihat, letak dua candi yang lain, candi Pawon dan candi Mendut, yang dengan Borobudur ketiganya membentuk satu garis lurus.
Berbeda dengan Borobudur, kedua candi itu semuanya terletak di daratan, candi Pawon terletak “di tepi danau" pada ketinggian 241,8 meter di atas permukaan laut, sedang candi Mendut terletak di ketinggian 289,3 meter diatas permukaan laut.
Menurut Nieuwenkamp, dari candi Pawon itulah dahulu bisa disaksikan pemandangan Borobudur yang paling bagus.
Pembuktian Nieuwenkamp secara topografis tersebut dilengkapi pula dengan usaha pembuktian secara toponimi. Yaitu dengan mempelajari nama-nama desa di sekitar Borobudur itu ia berusaha membuktikan bahwa daerah tersebut dahulu adalah danau.
Beberapa nama desa didaerah tersebut memang menunjukkan kaitannya dengan air, seperti : Desa Sabrangrawa, yang artinya “seberang rawa", dan desa Bumisegara, yang artinya “tanah laut".
Selanjutnya terdapat pula nama desa Tanjung dan Tanjungsari, yang mengingatkan kita dari kata tanjung itu pada tepi danau yang menjorok ketengah.
Teori Nieuwenkamp dan Museum Sejarah Tugu National
Waktu Nieuwenkamp dalam tahun 1833 pertama kali mengemukakan hipotesisnya, beberapa orang ahli secara spontan ada yang membantahnya.
Baca juga: Obama: Candi Borobudur dan Candi Prambanan Bisa Jadi Simbol Semangat Indonesia adalah Toleransi
Seorang diantaranya adalah Letnan Kolonel van Erp, yang diharian yang sama dalam tahun itu juga membantah higotese tersebut. Th. van Erp adalah seorang perwira genie tentara Belanda yang dalam tahun 1907 selama hampir 5 tahun telah memimpin pemugaran candi itu.