Selain Johny Indo, beberapa figur menonjol yang pernah menghuni Nusakambangan adalah Kusni Kasdut, Hutomo Mandala Putra (Tommy Soeharto), M Bob Hasan, Fabianus Tibo (terpidana kasus pembunuhan di Poso, Sulawesi Tengah), serta napi kasus terorisme, seperti Amrozi, Imam Samudra, dan Mukhlas.
Tahun 1965-1970, Nusakambangan pernah menjadi tempat pembuangan sementara hampir 10.000 orang yang diduga terlibat dalam gerakan komunis dan pemberontakan 30 September 1965, termasuk novelis Pramoedya Ananta Toer.
Selain sebagai penjara, pulau ini juga menjadi lokasi eksekusi bagi terpidana mati.
Salah satu lokasi yang sering menjadi tempat eksekusi adalah Lembah Nirbaya, sebuah dataran luas di tengah pulau.
Menurut beberapa petugas LP di Nusakambangan, area itu dikenal angker.
Saat Kompas memasuki Nusakambangan beberapa waktu lalu, pemeriksaan sangat ketat dimulai sejak hendak menyeberang dari dermaga Wijayapura.
Penyeberangan itu butuh waktu 10 menit dengan kapal khusus milik Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia.
Di Nusakambangan, setiap LP terhubung jalan aspal. Setiap penjara itu dikelilingi pagar kawat berduri dan dialiri listrik.