Perang gerilya pun makin berkecamuk dan pasukan Inggris yang sudah berhasil mengamankan Brunei merasa kewalahan ketika medan tempur meluas hingga wilayah Kalimantan Utara, Sabah, dan Sarawak.
Keadaan makin memanas karena pada tanggal 29 Agustus 1964 pembentukan negara Malaysia telah ditetapkan di Kuala Lumpur dan London.
(Baca juga: Bendera Indonesia Terbalik di Pembukaan SEA Games 2017, Menpora Malaysia: Sungguh Tiada Niat Jahat…)
Pengumuman yang dilakukan secara mendadak dan sepihak itu sangat mengejutkan karena tim pencari fakta PBB yang terdiri dari sembilan negara belum sempat meyelesaikan tugasnya.
Tim itu bahkan belum tiba di Kalimantan Utara tapi pengumuman berdirinya negara Malaysia ternyata telah berlangsung.
Pengumuman itu bagi Presiden Soekarno yang pernah menghadiri KTT di Manila dan membicarakan tentang berdirinya negara Malaysia tidak hanya melanggar kesepakatan KTT tapi juga menghina pribadi Soekarno.
Dalam kesepakatan KTT di Manila, Soekarno tidak menghalangi pembentukan negara federasi Malaysia asalkan diadakan jajak pendapat terlebih dahulu terhadap masyarakat yang tinggal di Kalimantan Utara.
Menyikapi pengumuman pembentukan negara Malaysia yang bersifat melecehkan kedaulatan Indonesia itu, Soekarno dan kabinetnya segera menempuh garis keras.
Mereka mengemukakan pembentukan Malaysia melanggar tiga hal. Pertama, tidak demokratis, kedua bertentangan dengan KTT Manila, dan ketiga bertentangan dengan resolusi PBB mengenai dekolonisasi.
Reaksi keras dan konfrontatif yang kemudian ditunjukkan oleh pemerintah Indonesia adalah tidak hanya sekedar merestui aksi penyusupan para sukarelawan masuk ke seberang perbatasan Malaysia .
Tetapi secara terang-terangan kekuatan pasukan ABRI mulai menampakkan dukungannya kepada perjuangan rakyat Kalimantan Utara. Aksi ganyang Malaysia pun tinggal menunggu hari.
Tindakan militer untuk menggempur Malaysia pun dikumandangkan oleh Soekarno di depan rapat raksasa di Jakarta pada 3 Mei 1964.