Hanya dua hari perbaikan, Mary pun siap dibawa ke pelabuhan terdekat untuk diserahkan pada pihak berwajib.
Dei Gratia tiba di Gibraltar, tanggal 12 Desember, sedangkan Mary keesokan paginya. Setelah dua jam membuang sauh, Mary Celeste dinyatakan ditahan Thomas J. Vecchio dari pengadilan di lingkungan Angkatan Laut Inggris.
Dirompak dan dibunuh
Jaksa Agung untuk Gibraltar, Frederick Solly Flood, menganggap kasus Mary Celeste melulu kasus perompakan dan pembunuhan.
Dugaan pertama, seorang awak kapal Mary telah meminum muatannya, dalam keadaan mabuk ia membunuh Kapten Briggs dan anak-istrihya.
Teori serupa diajukan oleh William A. Richard, menteri keuangan AS, yang kemudian dimuat dalam New York Times tahun 1873.
Tapi ide ini gugur, karena muatannya adalah alkohol yang didenaturasi, yang bisa membuat peminumnya sangat kesakitan sebelum mabuk.
Selanjutnya, Flood curiga, jangan-jangan Briggs dan Morehouse telah bersekongkol. Briggs membunuh awak kapalnya dan menyingkirkan mayat mereka.
la kemudian pergi dengan sekoci ke suatu tempat sesuai perjanjian dengan Morehouse. Begitu Morehouse menemukan Mary Celeste, ia membawanya ke Gibraltar dan mengklaim hadiah.
Menurut hukum maritim internasional, barang siapa menemukan kapal – biasanya kapal karam - berhak mendapatkan hadiah sebesar sekian persen dari nilai kapal dan barang muatannya.
Kelihatannya masuk akal, namun dengan pengamatan teliti tak ada bukti bahwa Morehouse atau Briggs itu kriminal. Selain itu, bagian hadiah yang didapat Morehouse, tak lebih besar dari modal yang ditanamkan dalam kapal itu.
Teori ketiga menuduh Morehouse, dan awak kapalnya merompak Mary Celeste, dan menghabisi semua penumpangnya. Ini pun sulit dibuktikan.