Di Jakarta ia menginap di rumah Perdana Menteri Sutan Syahrir, yang sebelumnya tidak ikut mengungsi ke Yogyakarta. Beberapa hari kemudian, dia indekost di Jalan Pegangsaan Timur 43, di rumah Bapak R. Said Soekanto Tjokrodiatmodjo (Kepala Kepolisian RI yang pertama).
Sekitar pertengahan bulan Juni 1948, H. Muthahar menerima pemberitahuan dari Sudjono yang tinggal di Oranje Boulevard (sekarang Jalan Diponegoro) Jakarta. Pemberitahuan itu menyebutkan bahwa ada surat dari Presiden Sukarno yang ditujukan kepadanya.
Isi surat itu adalah sebuah perintah agar ia segera menyerahkan kembali bendera pusaka yang dibawanya dari Yogya kepada Sudjono, agar dapat dibawa ke Bangka.
Mengapa Sudjono yang harus menyerahkannya?
Ternyata dalam pengasingan itu Bung Karno hanya boleh dikunjungi oleh anggota delegasi Republik Indonesia dalam perundingan dengan Belanda di bawah pengawasan UNCI (United Nations Committee for Indonesia). Sudjono adalah salah satu anggota delegasi itu, sedangkan H. Muthahar bukan.
(Baca juga: Meski Ada Tiang Besi, Suhud Mengibarkan Bendera Proklamasi Pertama Di Tiang Bambu. Ini Alasannya!)
Begitu tahu kapan Sudjono akan berangkat ke Bangka, H. Muthahar pun menjahit kembali kedua carik kain merah dan putih tadi. Meski sudah dilakukan dengan hati-hati, tak urung terjadi juga kesalahan jahit sekitar 2 cm dari ujungnya
Dengan dibungkus kertas koran agar tidak mencurigakan, selanjutnya bendera pusaka diberikan H. Muthahar kepada Soedjono untuk diserahkan sendiri kepada Presiden Soekarno.
Kejadian itu memberikan inspirasi bagi H. Muthahar yang juga komponis itu, untuk melahirkan lagi “Hari Merdeka”. Lagu-lagu lain yang terkenal dari sosok ini adalah "Syukur" dan "Hymne Pramuka".