Basri pernah bekerja sebagai peneliti dengan pangkat Junior Research Assistant di Lembaga Penyelidikan Ekonomi dan Masyarakat (LPEM) Fakultas Ekonomi Universitas Indonesia pada 1981. Perjalanan karier Faisal Basri berlanjut sebagai Wakil Direktur LPEM pada 1991 dan Direktur LPEM pada 1993.
Di samping menjadi peneliti, putra berdarah Batak Mandailing ini juga aktif sebagai dosen di Fakultas Ekonomi dan Bisnis UI. Ia biasa mengajar Ekonomi Politik, Ekonomi Internasional, Ekonomi Pembangunan, dan Sejarah Pemikiran Ekonomi. Faisal Basri juga mengajar di Program Magister Akuntansi, Program Magister Manajemen (MM), Program Magister Perencanaan dan Pengembangan Kebijakan (PNPM), dan Program Pascasarjana UI pada 1988-2024.
Di Fakultas Ekonomi UI, Faisal sempat menduduki beberapa posisi penting, seperti Kepala Departemen Ekonomi dan Studi Pembangunan UI periode 1995–1998. Ia juga ditunjuk sebagai Sekretaris Program pada Pusat Antar Universitas bidang Ekonomi Universitas Indonesia periode 1991–1998 dan Koordinator Bidang Ekonomi pada PAU Ekonomi UI periode 1989–1990 dan 1991–1993.
Di luar aktivitasnya sebagai pengajar, Faisal Basri menjadi salah satu pendiri Institute for Development of Economics and Finance (INDEF) pada 1995-2000.
Di dunia politik, Faisal Basri adalah salah satu pendiri Majelis Amanah Rakyat (MARA) yang menjadi cikal bakal Partai Amanat Nasional (PAN) saat awal reformasi. Dari situlah, dia ditunjuk sebagai Sekretaris Jenderal PAN pertama pada 1998-2000.
Baca Juga: Mengenang Tragedi Mina 1990, Ketika 562 Jamaah Haji Indonesia Meninggal Dunia Di Tanah Suci
Faisal Basri memutuskan mundur dari PAN pada Januari 2001, namun tetap aktif di politik dengan mendirikan organisasi Pergerakan Indonesia. Ia juga pernah menjadi Ketua Umum Dewan Pimpinan Nasional sejak Kongres I pada 2004-2010.
Pada Pemilihan kepala Daerah (Pilkada) DKI Jakarta 2012, Faisal Basri maju sebagai calon gubernur melalui jalur independen. Tetapi, dia kalah dengan pasangan calon lainnya yaitu Joko Widodo, Fauzi Bowo, dan Hidayat Nur Wahid.
Kepakaran di bidang ekonomi pernah mengantarkan Faisal Basri sebagai Pakar Ekonomi pada P3I DPR RI pada 1994–1995. Ia juga dipercaya sebagai Tenaga Ahli pada proyek di lingkungan Pusat Penelitian dan Pengembangan Teknologi Mineral, Ditjen Pertambangan Umum, Departemen Pertambangan dan Energi pada 1995-1999.
Semasa pemerintahan Presiden Joko Widodo, Faisal Basri pernah ditunjuk sebagai tim ahli Satuan Tugas Tindak Pidana Pencucian Uang (TPPU). Begitulah riwayat singkat Faisal Basri, salah satu ekonom hebat yang pernah lahir dari rahim Indonesia.