Selama tujuh bulan tinggal di Mekkah Snouck berhasil mengorek berbagai informasi yang dia perlukan, termasuk dari para ulama asal Hindia Belanda. Dia pasti masih akan lebih lama tinggal di Mekkah andaikata tak "dikhianati" wakil konsulat Prancis di Jeddah yang mungkin iri melihat Snouck berhasil masuk Mekkah dan leluasa melakukan penelitian di sana.
Snouck pun diusir dari kota suci sebelum tugasnya benar-benar selesai.
Selama di Hindia Belanda ia juga dianggap ulama besar yang tahu segalanya tentang Islam. Dr. Aqib Suminto, islamolog IAIN Jakarta yang pernah meneliti sejarah politik Islam Hindia Belanda, mengatakan hanya ulama-ulama papan atas yang berani berdiskusi soal agama dengan Snouck.
Ilmu Haji Abdul Gaffar ini rupanya memang luar biasa, sampai-sampai ia sering disebut sebagai mufti Batavia, mufti Hindia Belanda, bahkan syaikhul Islam Jawa, gelar-gelar yang tak sembarang ulama bisa menyandangnya.
Tinggal di Gang Sentiong
Mengapa Snouck bisa sampai di Hindia Belanda sebagian besar juga karena dipacu semangat petualangannya. Setelah kabur dari Mekkah, Snouck kembali mengajar di Universitas Leiden. Tapi ia merasa kurang puas dan ingin melepaskan diri dari tugas mengajar.
Apa yang dimauinya adalah melakukan penelitian tentang Islam di Hindia Belanda. Dia lagi-lagi beruntung karena permohonannya pada gubernur jenderal mendapat sambutan positif.
Menteri kolonial Belanda juga mendukung rencana Snouck yang memang berotak cemerlang. Salah satu tugas utamanya adalah meneliti suku bangsa Aceh, yang sudah lama menjengkelkan pemerintah di Batavia karena tak mau tunduk dan terus melakukan perlawanan pada pemerintah kolonial.
Dia dijanjikan akan mendapat tunjangan sebesar 1.150 gulden sebulan. Namun, terbatasnya dana yang ada membuat tunjangan ini dikurangi menjadi hanya 700 gulden saja. Baru dua minggu di Hindia Belanda Snouck sudah akrab dengan sejumlah tokoh keturunan Arab dan para ulama, yang sebagian memang sudah dikenalnya di Arab.
Secara khusus ia menjalin persahabatan dengan Othman bin Yahya, ulama keturunan Arab yang lalu jadi orang kepercayaannya di Kantoor voor Inlandsche Zaken, Kantor Urusan Pribumi, yang dipimpin Snouck.
Di kalangan pegawai Belanda di Batavia, Snouck dianggap lain dari yang lain. Tidak seperti amtenar Belanda umumnya, Snouck lebih suka tinggal di lingkungan kaum pribumi atau keturunan Arab.
Di Batavia dia misalnya pernah tinggal di Gang Sentiong dan di Oude Tamarindelaan, Jl. Asem Lama (sekarang Jl. Wahid Hasyim), di mana banyak tinggal warga keturunan Arab. Maksudnya tentu saja agar ia lebih dekat dengan para narasumbernya.