Alhasil, Amir Fatah memutuskan bergabung ke dalam NII pada 23 Agustus 1949.
Setelah itu, Amir Fatah langsung menyerang TNI dan beberapa desa, seperti Desa Rokeh Djati dan Pagerbarang.
Pemberontakan DI/TII di Jawa Tengah baru berakhir pada 22 Desember 1950, setelah para pelaku, termasuk Amir Fatah, berhasil ditangkap.
Sulawesi Selatan
Selanjutnya, pemberontakan DI/TII terjadi di Sulawesi Selatan pada 1950 dan dipimpin oleh Kahar Muzakkar.
Kahar Muzakkar adalah pemimpin dari Komando Gerilya Sulawesi Selatan (KGSS).
Pemberontakan DI/TII Sulawesi Selatan terjadi akibat adanya perbedaan cara pandang pemerintah dengan Kahar Muzakkar yang berkaitan dengan reorganisasi APRIS/TNI.
Sebagai pemimpin KGSS, Muzakkar menyarankan seluruh anggotanya mendaftar ke dalam Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat (APRIS).
Tapi pada akhirnya banyak dari mereka yang ditolak menjadi anggota APRIS karena dianggap tidak memenuhi syarat.
Kahar Muzakkar yang merasa kecewa dengan keputusan APRIS mulai melancarkan aksi pemberontakan.
Aksi pertama terjadi pada 1950-1952, sedangkan yang kedua terjadi pada 1953-1965.
Berjalan selama kurang lebih 15 tahun, pemberontakan DI/TII di Sulawesi Selatan baru berakhir setelah Kahar Muzakkar ditembak mati.