Kalau terjadi apa-apa, KRI Nanggala yang maju.
Baca Juga: Bagaimana Argumen Malaysia dalam Klaim Kepemilikan Blok Ambalat?
Tugasnya sesuai dengan peran kapal selam untuk mengintai, menyusup, dan memburu sasaran-sasaran strategis.
Semua sesuai dengan keputusan politik pemerintah.
Saat itu, KRI Nanggala–402 beroperasi sendiri karena ”saudaranya”, yaitu KRI Cakra 401, sedang diperbaiki total di Korea Selatan.
KRI Cakra mulai beroperasi kembali Februari 2006.
Belakangan, bergantian, KRI Nanggala yang diperbaiki di Korea Selatan dan kembali ke Tanah Air pada Februari 2012.
Saat itu, jumlah kapal selam RI hanya dua unit untuk mencakup laut yang sangat luas.
Ada banyak misi rahasia yang diemban KRI Nanggala.
Hal ini sesuai dengan sifat kapal selam yang strategis, yaitu senyap dan tidak diketahui keberadaannya.
KRI Nanggala-402 juga mengikuti misi-misi yang terbuka di antaranya dalam latihan-latihan dengan US Navy tahun 2002 di Laut Jawa dan Selat Bali dengan nama latihan Coorperation Afloat Readiness and Training/CARAT.
KRI Nanggala-402 juga kerap ikut latihan perang.