Melalui konferensi tersebut, dihasilkan penyerahan kedaulatan dari Belanda kepada Indonesia.
Namun, KMB masih menyisakan kekacauan bagi pihak Indonesia dan Belanda.
Kedua negara ini masih merasa berhak atas tanah Papua atau Irian Barat.
Belanda ingin Papua bagian barat berdiri sebagai negara sendiri di bawah kendali Kerajaan Belanda.
Alasannya adalah karena orang-orang asli Papua memiliki perbedaan etnis dan ras dengan masyarakat Indonesia pada umumnya.
Dan karena itu Belanda ingin Papua berdiri sebagai negara sendiri di bawah naungan Kerajaan Belanda.
Namun, sebaliknya dengan Indonesia yang ingin seluruh wilayah bekas jajahan Hindia Belanda diserahkan.
Untuk mengatasi masalah tersebut, telah dilakukan beberapa kali perundingan, tetapi masih belum juga menemukan titik temu.
Karena Belanda tetap bersikeras ingin mempertahankan Papua, akhirnya masalah ini dibawa ke forum Perserikatan Bangsa-bangsa (PBB).
Dalam Sidang Umum PBB bulan September 1961, Menteri Luar Negeri Belanda Joseph Marie Antoine Hubert Luns mengajukan usulan agar Papua atau Irian Barat berada di bawah PBB.
Namun, usulan tersebut ditolak oleh Majelis Umum PBB.
Presiden Soekarno kemudian membentuk Komando Mandala untuk merebut Papua pada 2 Januari 1962.