Apabila jadi menikah dengan Ay, nama Ankhsenamun tidak disebutkan dalam makam Ay yang ditemukan di Valley of the Kings atau Lembah Para Raja di Mesir, yang dikenal sebagai situs pemakaman para firaun dan keluarga bangsawan lainnya.
Setelah tiga tahun memerintah, Ay meninggal dan takhta Mesir Kuno jatuh ke tangan Horemheb.
Untuk melegitimasi kekuasaannya, Horemheb, mengklaim bahwa dewa-dewa lama telah memilihnya untuk mengembalikan tatanan Mesir Kuno dan menghapus nama keluarga raja yang sesat dari sejarah.
Raja sesat yang dimaksud adalah Akhenaten, sehingga semua monumen yang didirikan pada masa pemerintahannya berusaha dihancurkan atau dirusak oleh Horemheb.
Selain itu Horemheb juga menghapus semua jejak Tutankhamun, yang sejatinya telah berusaha mengembalikan tatanan Mesir Kuno selama satu dekade pemerintahannya.
Tindakan itu menimbulkan dugaan bahwa Horemhab atau Ay juga membunuh Ankhsenamun.
Namun, dugaan tersebut belum menemukan bukti pendukung.
Satu yang pasti, Ankhsenamun lenyap dari sejarah setelah mengirimkan surat kepada Raja Het.
Begitulah nasib buruk Ankhesenamun, permaisuri Tutankhamun yang hilang ditelan sejarah.