Di kota itulah Ankhesenamun dibesarkan.
Menurut dugaan Zahi Hawass, seorang sejarawan Mesir Kuno, Ankhesenamun dibesarkan di Akhetaten bersama Tutankhamun, putra Akhenaten dari istrinya yang lain.
Ankhesenamun dan Tutankhamun adalah saudara seayah, yang pada akhirnya dinikahkan dan memerintah Mesir Kuno bersama-sama sepeninggal Akhenaten.
Sebelum itu, sebagian sejarawan meyakini Ankhesenamun dinikahi oleh Akhenaten ketika belum genap berusia 13 tahun dan melahirkan seorang putri bernama Ankhesenpaaten Tasherit.
Namun, sejumlah ahli tidak sepakat dan berpendapat bahwa Ankhesenpaaten Tasherit adalah putri Akhenaten dari istrinya yang bernama Kiya.
Menjadi permaisuri Tutankhamun Pada 1336, Akhenaten meninggal dan sekitar tiga tahun kemudian, Tutankhamun naik takhta.
Tutankhamun menjadikan kakak tirinya, Ankhsenamun, sebagai permaisuri dan bersama-sama mereka mencoba memulihkan ketertiban dan keseimbangan di negerinya.
Tugas pertama yang mereka lakukan adalah mengembalikan kepercayaan politeisme di Mesir Kuno, yang sempat dilarang oleh Akhenaten.
Kuil-kuil dibuka kembali dan beragam upacara kembali digelar sesuai tradisi masyarakat Mesir Kuno.
Saat itu, usia Tutankhamun baru 8 atau 9 tahun, sementara Ankhsenamun berusia 13 atau 14 tahun.
Pasangan ini memerintah Mesir Kuno didampingi dua penasihat, yakni Ay dan Horemheb.
Dilihat dari penggambran mereka dalam karya seni yang terpahat pada makam Tutankhamun, pernikahan mereka tampaknya tidak hanya atas dasar kepentingan politik, tetapi memang dilandasi rasa cinta.