Ankhsenamun tampaknya dengan setia mendampingi Tutankhamun hingga suaminya itu meninggal secara mendadak di usia 19 tahun, atau sepuluh tahun setelah memerintah.
Sesuai tradisi, sepeninggal Tutankhamun, Ay menjadi penerusnya karena anaknya dengan Ankhsenamun tidak ada yang lahir dengan selamat.
Agar peran Ay diakui, dia harus ditunangkan dengan janda raja, untuk upacara pemakaman Tutankhamun.
Meski mengikuti tradisi, Ankhsenamun memiliki rencana sendiri karena ia tidak mau menjadi istri sah Ay, yang jauh lebih tua.
Beberapa sejarawan bahkan menyebut Ay adalah kakek Ankhsenamun.
Ankhsenamun menyurati Raja Suppiluliuma I dari Het, agar ia dinikahkan dengan putranya.
Dalam suratnya, Ankhsenamun mengatakan apabila putra Suppiluliuma I menikahinya, maka akan menjadi firaun atau Raja Mesir.
Setelah memastikan tawaran tersebut bukan jebakan, Suppiluliuma I mengirim putranya, Zananza, ke Mesir untuk menikahi Ankhsenamun.
Namun, Pangeran Zananza tewas di perjalanan setelah dibunuh atas perintah Horemheb dan Ay.
Hawass mengatakan bahwa hal itu mungkin dilakukan karena pernikahan seorang ratu Mesir dengan pangeran asing akan sangat mempermalukan bangsa Mesir.
Setelah pembunuhan Pangeran Zananza, Ankhsenamun seakan hilang dari sejarah.
Bagaimana nasibnya setelah insiden itu, maupun tahun kematiannya tidak diketahui.