Wilhelmina juga mencoba memecah belah Indonesia dengan membentuk negara boneka yang disebut Negara Indonesia Timur (NIT) yang dipimpin oleh Noto Soeroto.
Wilhelmina baru mau mengakui kemerdekaan Indonesia setelah mendapat tekanan dari Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB) dan Dewan Keamanan PBB.
Pada 27 Desember 1949, Wilhelmina menyerahkan kedaulatan Indonesia di Istana Dam, Amsterdam.
Namun, ia tetap tidak mau mengakui Papua sebagai bagian dari Indonesia.
Wilhelmina meninggal pada 28 November 1962 di usia 82 tahun. Ia dimakamkan di Nieuwe Kerk, Delft.
Ia dianggap sebagai ratu yang berjasa bagi Belanda karena berhasil mempertahankan negaranya dari ancaman Jerman.
Namun, ia juga dianggap sebagai ratu yang kejam dan kolonialis oleh rakyat Indonesia karena tidak menghargai hak-hak bangsa Indonesia untuk merdeka dan berdaulat.