Yaitu Sumatera, Jawa dan Madura, dan Kalimantan dan Kawasan Indonesia Timur.
Tujuan Jepang membagi Indonesia ke dalam tiga wilayah adalah untuk pertahanan dan sebagai pendukung.
Maksud dari pertahanan adalah bisa melindungi Jepang dari serangan tiba-tiba, karena saat itu Jepang sedang terlibat dalam Perang Pasifik dengan sekutu.
Sementara sebagai pendukung adalah untuk memanfaatkan sumber daya alam yang ada di Indonesia, terutama minyak bumi agar bisa memenuhi kebutuhan perang Jepang dalam Perang Pasifik.
Selain itu, Jepang juga bertujuan untuk mengontrol sikap para tokoh nasionalis yang tidak kooperatif dengan Jepang, seperti Sutan Sjahrir.
1. Sumatera
Wilayah pertama adalah Sumatera, yang dipimpin oleh Angkatan Darat Tentara ke-25 atau Tomi Shudan, yaitu Yamashita dengan pusat kekuasaan di Bukittinggi.
Jepang memilih untuk menduduki Sumatera karena di sana terkenal dengan kekayaan sumber daya alam yang besar.
Pemerintah Jepang mengutus angkatan darat untuk mengawasi wilayah Sumatera, karena satu pulau menyatu dalam daratan sehingga akan jauh lebih ringan jika dipantau oleh Angkatan Darat.
2. Jawa-Madura
Selanjutnya wilayah Jawa dan Madura yang dipimpin oleh Jenderal ke-16 atau Gunseikan, Imamura.
Pusat kekuasaan wilayah Jawa-Madura terletak di Jakarta. Wilayah ini tidak hanya diawasi oleh Angkatan Darat, tetapi juga dibantu oleh Angkatan Laut (Dai ni Nankenkantai).