Kemudian juga menjadi juru bicara PKI dalam berbagai isu politik, seperti masalah agraria, hubungan internasional, dan demokrasi.
Ia dikenal sebagai orator yang cerdas dan berani.
Pada tahun 1953, ia diangkat menjadi Sekretaris Jenderal II PKI, yang bertanggung jawab atas bidang organisasi dan massa.
Kemudian juga menjadi anggota Politbiro CC PKI, yaitu badan tertinggi partai tersebut.
Pada saat peristiwa G30S 1965, Njono termasuk dalam daftar tokoh-tokoh PKI yang diculik dan dibunuh oleh kelompok militer yang menentang Presiden Sukarno.
Namun, ia berhasil lolos dari penculikan tersebut dan bersembunyi di Jakarta.
Ia sempat mengeluarkan sebuah pernyataan yang membantah keterlibatan PKI dalam G30S dan menyerukan kepada rakyat untuk mendukung Sukarno sebagai presiden seumur hidup.
Namun, pernyataan itu tidak banyak membantu.
Pada 21 Februari 1966, ia ditangkap oleh pasukan Kopkamtib di rumahnya di Jalan Ciputat Raya No. 17.
Njono kemudian diadili oleh Mahkamah Militer Luar Biasa (Mahmilub), sebuah pengadilan khusus yang dibentuk untuk menghukum para anggota PKI.
Dalam sidangnya, ia mengaku bahwa ia adalah anggota Politbiro CC PKI, tetapi menyangkal bahwa ia terlibat dalam G30S.
Ia juga mengungkapkan adanya Dewan Jenderal, yaitu sebuah kelompok militer yang berencana untuk menggulingkan Sukarno dengan cara-cara konstitusional atau tidak konstitusional.