Ia tidak bisa membendung jaring-jaring intelijen Ali yang kemudian mempercepat keruntuhan Sukarno.
Namun, setidaknya, Sukendro masih mencoba berupaya.
Apa yang disebut mantan Dubes Kuba dan juga teman dekat Soekarno, AM Hanafi, dalam biografinya memperlihatkan hal itu.
Pada 11 Maret 1966, ketika Presiden diikuti para waperdam tergopoh-gopoh menuju Bogor karena takut dengan Pasukan Kemal Idris, Sukendro menyarankan AM Hanafi untuk mengejar presiden dan menempelnya di mana pun juga Soekarno berada.
“Jangan tinggalkan Bapak sendirian,” kata Sukendro.
Sepertinya insting intelijen Sukendro masih cukup tajam untuk membaca arah zaman.
Sayang, AM Hanafi hanya bisa menyesal karena tak kebagian helikopter pada hari itu.
Petang itu juga juga utusan Soeharto berhasil mendapatkan surat penyerahan kekuasaan (Supersemar).
Ketika Soeharto naik ke puncak kekuasaan, bintang Sukendro praktis redup.
Namun meski tenggelam ia tak lantas terdiam.
Akui Keberadaan Dewan Jenderal
Dalam sebuah kursus perwira di Bandung, ia secara mengejutkan mengakui keberadaan Dewan Jenderal.
Akibatnya, Soeharto yang notabene juga rekan dekatnya, lewat tangan Pangkopkamtib Jenderal Sumitro menggiringnya untuk ikut merasakan dinginnya sel RTM Nirbaya Cimahi selama 9 bulan.
Tentunya tanpa pengadilan.
Lepas dari tahanan, Sukendro ditampung Gubernur Jateng, Supardjo Rustam.
Ia diberi kepercayaan mengelola perusahaan daerah Jateng.
Meski demikian, radar Soemitro tak serta merta mendepaknya.
Setiap kali terdengar ada gerakan antipemerintah, Sukendro adalah orang pertama yang didatangi Soemitro.