Sampai-sampai ada anggapan pada masa itu, sosok Sukendro-lah temali utama yang menghubung Nasution dan juga Achmad Yani dengan CIA.
Bahkan dalam salah satu versi skenario Gestok, karena kecerdasan dan lobi baiknya dengan CIA, Sukendro disebut-sebut sebagai salah satu orang yang layak dicurigai sebagai dalang, seperti disebut dalam buku Menguak Misteri Kekuasaan Soeharto karangan FX. Baskara Tulus Wardaya
Tapi kenapa dia menjadi target G30S?
Sukendro termasuk sosok penting di tubuh militer.
Namanya masuk dalam grup jenderal elite yang dekat dengan Nasution maupun Yani.
Belakangan grup ini dikenal sebagai Dewan Jenderal.
Anggotanya 25 orang, namun empat motornya adalah Mayjen S Parman, Mayjen MT Haryono, Brigjen Sutoyo Siswomihardjo, dan Brigjen Sukendro sendiri.
Grup ini aktif melakukan counter politik untuk menandingi dominasi PKI.
Bagi PKI, perwira intelektual yang satu ini adalah bahaya laten.
Sayangnya, Sukarno meminta Sukendro menjadi anggota delegasi Indonesia untuk peringatan Hari Kelahiran Republik Cina, 1 Oktober 1965.
Selamatlah dia dari korban penculikan.
Selepas peristiwa itu, peran Sukendro mulai tersisih oleh kiprah Ali Moertopo.