Raden Patah dan Raden Kusen kemudian merantau ke Jawa untuk mempelajari agama Islam dari para Wali Songo.
Raden Patah belajar dari Sunan Gunung Jati di Cirebon, Sunan Giri di Gresik, dan Sunan Ampel di Surabaya.
Ia juga bertemu dengan Sunan Kalijaga, Sunan Bonang, Sunan Kudus, dan Sunan Muria.
Dari para Wali Songo ini, Raden Patah mendapatkan ilmu agama dan politik yang akan berguna bagi perjuangannya nanti.
Raden Patah kembali ke Palembang setelah ayahnya, Prabu Brawijaya V, meninggal pada tahun 1478 Masehi.
Ia kemudian mengklaim hak waris atas tahta Majapahit sebagai putra tertua.
Namun, hal ini ditentang oleh Girindrawardhana, adipati Blambangan yang mengangkat dirinya sebagai raja Majapahit menggantikan Prabu Brawijaya V.
Girindrawardhana juga menolak pengaruh Islam yang dibawa oleh Raden Patah dan para Wali Songo.
Perang saudara pun tak terhindarkan antara Raden Patah dan Girindrawardhana.
Raden Patah memimpin pasukan Islam yang terdiri dari para Wali Songo dan bala bantuan dari kerajaan-kerajaan Islam lainnya seperti Cirebon, Gresik, Tuban, Pasuruan, dan Madura.
Ia juga mendapat dukungan dari Demak, sebuah kadipaten di bawah Majapahit yang dipimpin oleh adipati bernama Syarif Abdullah atau Pangeran Sabrang Lor.