Menurut pemberitaan surat kabar Kompas pada 2008, Perselisihan antara kubu Gus Dur dan Cak Imin di PKB dimulai selepas Muktamar 2005.
Ketika itu Muhaimin terpilih menjadi Ketua Umum PKB melalui Muktamar, sedangkan Gus Dur ditetapkan menjadi Ketua Dewan Syura PKB.
Sejak muktamar itu muncul dua kubu di dalam PKB.
Yakni kubu Gus Dur dan kubu Muhaimi.
Lalu pada Maret 2008 muncul kabar ada upaya untuk melengserkan Gus Dur dari posisi Ketua Dewan Syura PKB.
Puncak dualisme terjadi pada 2008 saat Cak Imin menggelar Muktamar Luar Biasa (MLB) di Ancol tahun 2008.
Hasil keputusan itu melengserkan Gus Dur dari posisi Ketua Dewan Syuro PKB dan kembali mengangkat Muhaimin sebagai Ketum PKB.
Gus Dur mencoba menggelar Muktamar Luar Biasa (MLB) di Parung, Jawa Barat, dan memilih Ali Masykur sebagai Ketua Umum PKB, sedangkan Sekjen PKB dipegang oleh Yenny Wahid.
Kemudian pengadilan hingga tingkat kasasi memutuskan kepengurusan PKB yang sah adalah kepengurusan yang dibentuk dari Muktamar yang digelar oleh Cak Imin.
Luka itu kemudian membekas hingga kini yang menjadi standar sikap keluarga Gus Dur, selama itu adalah Cak Imin, maka tidak akan ada dukungan.
Sikap keluarga Gus Dur ini pernah diungkapkan Yenny Wahid dalam acara Rossi di Kompas TV pada 10 Agustus 2023 lalu.
Dia menyebut jika calon presiden (capres) Partai Gerindra Prabowo Subianto meminang Cak Imin sebagai calon wakil presiden (cawapres), keluarga Gus Dur siap angkat tangan tak memberi dukungan.