Bertahun-tahun kemudian, D.N. Aidit menjadi orang paling diburu dalam peristiwa 30 September 1965.
Ketika itu D.N Aditi adalah pemimpin Partai Komunis Indonesia (PKI) yang dituding sebagai dalang peristiwa yang menewaskan tujuh jenderal Angkata Darat itu.
Aidit merupakan politikus ulung PKI.
Berkat kepemimpinannya, pada 1960-an PKI menjelma menjadi partai komunis terbesar ketiga di dunia setelah RRC dan Uni Soviet.
Dalam sejarah Indonesia, DN Aidit dianggap sebagai tokoh antagonis yang dituduh sebagai dalang atas peristiwa G30S.
Sebagai pemimpin terakhir PKI, ia memang pernah mengaku bertanggung jawab atas peristiwa G30S, meski pada akhirnya disangkal oleh tokoh lain.
Dalam kondisi yang tak menentu itu dan menjadi pihak tertuduh, DN Aidit pergi dari Jakarta menuju ke Yogyakarta dan Jawa Tengah, yang menjadi basis PKI, untuk menemui ketua PKI setempat.
Tapi dalam misi itu, DN Aidit malah tertangkap pada 22 November malam oleh kelompok yang dipimpin Kolonel Yasir Hadibroto di sebuah rumah di Desa Sambeng, Solo.
Keesokan paginya, DN Aidit ditembak mati oleh pasukan yang dipimpin oleh Kolonel Yasir Hadibroto di daerah Boyolali.
Meskipun dikatakan bahwa DN Aidit meninggal karena ditembak di Boyolali, tidak ada satu pun yang mengetahui keberadaan jasadnya sejak hari itu.
Sampai sekarang, otak dari peristiwa G30S masih menjadi misteri.
Begitu pula dengan eksekusi tanpa pengadilan terhadap DN Aidit, yang menjadi kontroversi.