Pada akhirnya, Adipati Pragola I memutuskan mundur dan membangun pertahanannya di Gunung Pati.
Ia berlindung di sana hingga akhir hayatnya.
Sementara itu, sejumlah sumber menyebutkan bahwa Adipati Pragola II merupakan putra dari Adipati Pragola I.
Namun, ada pula yang menyebutkan bahwa Adipati Pragola II bukan putra dari Adipati Pragola I, melainkan putra dari Pangeran Puger atau Pakubuwana I.
Terlepas dari perbedaan tersebut, catatan sejarah kompak menyebut Adipati Pragola II terlibat perang saudara dengan Sultan Agung.
Hubungan saudara yang terjalin antara Pragola II dengan Sultan Agung dilatarbelakangi oleh pernikahan Adipati Pragola II dengan Raden Ajeng Tulak atau Ratu Mas Sekar, adik Sultan Agung.
Pada masa kepemimpinannya, sang adipati menyatakan bahwa Pati dan Mataram sederajat.
Oleh sebab itu, Adipati Pragola II enggan patuh terhadap Mataram.
Wujud pembangkangan yang dilakukan Adipati Pragola II adalah dengan tidak mengikuti Pisowanan Agung yang diwajibkan bagi bawahan Mataram oleh Sultan Agung.
Pisowanan Agung adalah sebuah tradisi atau rapat tahunan antara Sultan Agung dengan para bawahannya.
Pada awalnya, Sultan Agung masih menoleransi ketidakhadiran adik iparnya itu.
Sebab, daerah Pati tergolong sebagai basis kekuatan bagi Mataram di bagian utara Jawa.