Makam Sultan Agung menjadi makam pertama sekaligus makam induk yang disebut Kasultanagungan.
Setelah itu barulah kompleks makam ini digunakan sebagai makam untuk raja-raja setelahnya.
Setelah Perjanjian Giyanti, makam Imogiri kemudian dibagi menjadi dua bagian: bagian barat untuk makam raja-raja Kasunanan Surakarta dan bagian timur Kasultanan Yogyakarta.
Kompleks Makam Raja Imogiri dibagi menjadi delapan kelompok makam yang masing-masing disebut dengan kedaton.
Raja-raja yang dimakamkan di Makam Imogiri
Berikut ini adalah nama kedelapan kedaton beserta raja-raja yang dimakamkan di setiap kedaton tersebut.
1. Kedaton Sultan Agungan: Sultan Agung, Sunan Amangkurat II, Sunan Amangkurat III.
2. Kedaton Pakubuwanan: Sunan Paku Buwana I, Sunan Amangkurat IV, Sunan Paku Buwana II.
3. Kedaton Bagusan/Kasuwargan: Sunan Paku Buwana III, Sunan Paku Buwana IV, Sunan Paku Buwana V
4. Kedaton Astana Luhur: Sunan Paku Buwana VI, Sunan Paku Buwana VII, Sunan Paku Buwana VIII, Sunan Paku Buwana IX
5. Kedaton Girimulyo: Sunan Paku Buwana X, Sunan Paku Buwana XI
6. Kedaton Kasuwargan Yogyakarta: Sultan Hamengku Buwana I dan III
7. Kedaton Besiyaran: Sultan Hamengku Buwana IV, Sultan Hamengku Buwana V, Sultan Hamengku Buwana VI
8. Kedaton Saptarengga: Sultan Hamengku Buwana VII, Sultan Hamengku Buwana VIII, Sultan Hamengku Buwana IX