Pemerintah kolonial Belanda menganggap partai ini sebagai ancaman bagi kepentingan dan kedaulatan mereka di Hindia.
Mereka khawatir partai ini akan memicu pemberontakan dan gerakan separatis di berbagai daerah.
Karena tidak mau memberikan konsesi politik apapun kepada partai ini.
Sebagian kalangan rakyat Hindia juga tidak mendukung partai ini karena berbagai alasan. Beberapa di antaranya adalah:
1. Mereka meragukan niat dan loyalitas Douwes Dekker sebagai seorang Indo yang memiliki darah Belanda.
2. Mereka merasa bahwa partai ini terlalu radikal dan tidak realistis dalam menuntut kemerdekaan Hindia dari Belanda.
3. Mereka merasa bahwa partai ini tidak mewakili kepentingan dan aspirasi mereka sesuai dengan golongan, ras, agama, atau daerah mereka.
4. Mereka merasa bahwa partai ini tidak memiliki basis massa yang kuat dan luas di seluruh Hindia.
Akibatnya, Indische Partij mengalami kesulitan dalam mengembangkan organisasi dan kegiatan mereka.
Mereka juga mendapat tekanan dan intimidasi dari pihak berwenang Belanda.
Pada 4 Maret 1913, partai ini dibubarkan oleh pemerintah kolonial Belanda dengan alasan mengancam ketertiban umum. Tiga pendiri partai ini ditangkap dan diasingkan ke Belanda.