Sidang istimewa MPR juga memutuskan untuk mengangkat Megawati sebagai presiden menggantikan Gus Dur.
Dengan demikian, Megawati menjadi presiden perempuan pertama di Indonesia dan Asia Tenggara.
Ia juga menjadi presiden pertama yang terpilih secara konstitusional di era reformasi.
Megawati kemudian memimpin Indonesia hingga tahun 2004.
Di bawah kepemimpinannya, Indonesia mengalami beberapa peristiwa penting, seperti referendum kemerdekaan Aceh, pembebasan tahanan politik, pemulihan hubungan diplomatik dengan Timor Leste, penanggulangan terorisme, dan pemilihan presiden secara langsung untuk pertama kalinya.
Pada pemilihan presiden 2004, Megawati kembali mencalonkan diri sebagai presiden dengan didampingi oleh Hasyim Muzadi sebagai wakil presiden.
Namun, ia kalah dari pasangan Susilo Bambang Yudhoyono dan Jusuf Kalla yang meraih 60,62 persen suara dalam putaran kedua.
Meski tidak lagi menjadi presiden, Megawati tetap aktif dalam dunia politik sebagai ketua umum PDI-P.
Dia juga menjadi salah satu pendukung utama dari Presiden Joko Widodo yang merupakan kader PDI-P.
Juga sering memberikan saran dan kritik kepada pemerintah terkait berbagai isu strategis nasional.
Megawati Soekarnoputri adalah sosok pemimpin PDI-P yang menorehkan sejarah di pemilu 1999.
Ia membawa partainya meraih kemenangan besar di tengah persaingan sengit antara berbagai partai politik.
Ia juga membuktikan diri sebagai pemimpin perempuan yang tangguh dan berpengaruh di Indonesia.