Indonesia mulai melakukan infiltrasi dan sabotase di wilayah Sabah dan Sarawak dengan melibatkan pasukan reguler dan sukarelawan.
Indonesia juga mendukung pemberontakan komunis di Sarawak yang dipimpin oleh Bong Kee Chok dan pemberontakan di Brunei yang dipimpin oleh A.M. Azahari.
Selain itu, Indonesia juga menggalang dukungan dari negara-negara lain seperti Tiongkok, Filipina, Uni Soviet, dan Vietnam Utara.
Konfrontasi Indonesia-Malaysia berlangsung selama empat tahun dengan banyak korban jiwa dari kedua belah pihak.
Peristiwa ini juga mempengaruhi hubungan Indonesia dengan negara-negara Persemakmuran Bangsa-Bangsa seperti Britania Raya, Australia, Selandia Baru, dan Singapura yang membantu Malaysia dalam konflik ini.
Konfrontasi Indonesia-Malaysia berakhir pada tahun 1966 setelah terjadi perubahan politik di Indonesia.
Soekarno digantikan oleh Soeharto menyusul upaya kudeta G30S yang diduga melibatkan PKI.
Soeharto kemudian menandatangani Perjanjian Bangkok dengan Malaysia pada 11 Agustus 1966 yang mengakhiri konfrontasi dan mengakui pembentukan Malaysia.
Konfrontasi Indonesia-Malaysia merupakan salah satu peristiwa penting dalam sejarah Indonesia dan Malaysia.
Peristiwa ini menunjukkan sikap anti-kolonialisme dan nasionalisme Soekarno yang berani menghadapi kekuatan Barat.
Baca Juga: Peristiwa Pemerkosaan Gadis 15 Tahun Di Parigi Muotong Seret Kades, Guru, Hingga Polisi
Namun, peristiwa ini juga menimbulkan banyak kerugian bagi kedua negara baik dalam hal ekonomi, sosial, maupun politik.