Para Brahmana Hindu dan Buddha pun menolak, karena sepanjang sejarah tidak ada Brahmana yang menyembah raja.
Penolakan ini membuat Kertajaya murka dan melakukan tindakan sewenang-wenang terhadap kaum Brahmana.
Pada akhirnya, para Brahmana memutuskan untuk melarikan diri ke Tumapel dan berlindung pada Ken Arok, yang berniat melepaskan diri dari Kediri.
Tidak lama setelahnya, para Brahmana merestui Ken Arok sebagai raja di Tumapel, yang kekusaannya terpisah dari pengaruh Kerajaan Kediri.
Dengan bantuan rakyat dan kaum Brahmana, Ken Arok kemudian menyerang Kediri.
Pertempuran antara pasukan Tumapel yang dipimpin oleh Ken Arok dan tentara Kediri di bawah pimpinan Mahisa Walungan, adik Raja Kertajaya, berlangsung di sebelah utara Ganter.
Ken Arok tak membutuhkan waktu lama untuk mengalahkan Mahisa Walungan dan menterinya Gubar Baleman.
Kitab Negarakertagama memberikan keterangan bahwa Kerajaan Kediri runtuh pada 1222 M.
Dengan kemenangan Ken Arok, maka berakhirlah masa kekuasaan Wangsa Isyana setelah memerintah selama tiga abad.
Akan tetapi, Negarakertagama maupun Pararaton sama-sama menutupi bahwa Raja Kertajaya gugur dalam pertempuran.
Kitab Negarakertagama melukiskan bahwa Raja Kertajaya melarikan diri dan bersembunyi di lereng gunung bersama para pertapa.
Sedangkan Kitab Pararaton menyebut Raja Kertajaya lenyap ke alam kedewaan dan tidak meninggalkan bekas.
Perang Ganten juga menandai runtuhnya Kerajaan Kediri dan berakhirnya Wangsa Isyana.
Setelah Kediri hancur, kekuasaan di Javadwipa dipegang oleh Kerajaan Singasari.