Ia pernah ditangkap dan dipenjara tanpa alasan yang jelas pada tahun 1966.
Lalu, pernah dituduh sebagai mata-mata asing dan anggota PKI oleh sekelompok orang tak dikenal pada tahun 1978.
Namun, ia tidak pernah gentar dan tetap teguh dengan prinsipnya.
Yap Thiam Hien meninggal dunia pada tanggal 25 April 1989 di Brussels, Belgia, karena sakit jantung.
Ia meninggalkan seorang istri, Tan Gien Khing Nio, dan dua orang anak.
Namanya diabadikan sebagai nama sebuah penghargaan yang diberikan kepada orang-orang yang berjasa besar bagi penegakan hak asasi manusia di Indonesia oleh Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI).
Yap Thiam Hien adalah sosok inspiratif yang patut diteladani oleh semua orang yang peduli dengan hak asasi manusia dan keadilan sosial.