Yap Thiam Hien tidak segan-segan membela siapa pun yang diperlakukan tidak adil oleh penguasa atau pihak berkuasa.
Ia menolak ketika pemerintah memaksa warga Tionghoa mengganti nama pada masa Soekarno.
Baginya, identitas tidak bisa disetip dan menghilangkan identitas adalah pelanggaran hak asasi manusia.
Ia juga menolak ketika Presiden Soekarno mengeluarkan dekrit presiden dan kembali ke UUD 1945.
Baginya, dalam hal perlindungan hak asasi manusia, UUD Sementara 1950 lebih baik daripada UUD 1945.
Kemudian menunjuk Pasal 6 UUD 1945 kala itu - "Presiden ialah orang Indonesia asli" - yang disebutnya tidak adil dan mengabaikan pluralisme.
Pada masa Orde Baru, Yap Thiam Hien tetap kritis terhadap pemerintah yang sering melakukan pelanggaran hak asasi manusia.
Ia mau membela Soebandrio, bekas wakil perdana menteri yang sebenarnya juga musuh politiknya, yang dituduh terlibat dalam G30S/PKI.
Bahkan juga mau membela para aktivis mahasiswa yang ditangkap karena melakukan demonstrasi menentang pemerintah.
Yap Thiam Hien mau membela para tahanan politik Papua yang dituduh melakukan makar terhadap negara.
Karena sikapnya yang berani itu, Yap Thiam Hien sering mendapat ancaman dan intimidasi dari pihak-pihak yang tidak senang dengan perjuangannya.