Kapal-kapal Portugis melarang mereka mengisi persediaan air dan bahan-bahan di St. Helena.
Pada 14 Agustus 1597, ekspedisi Cournelis kembali ke Amsterdam dengan membawa 240 kantong lada, 45 ton pala, dan 30 bal bunga pala.
Meskipun keuntungan yang diperoleh tidak seberapa dibandingkan dengan biaya dan korban jiwa yang dikeluarkan, Cournelis telah menunjukkan bahwa monopoli Portugis atas perdagangan rempah-rempah dapat digoyahkan.
Keberhasilan Cournelis membuka jalan bagi ekspedisi-ekspedisi selanjutnya yang berujung pada penggusuran Portugis dan pendirian monopoli Belanda atas perdagangan rempah-rempah di Nusantara.
Cournelis sendiri tidak menikmati hasil usahanya karena dia meninggal pada tahun 1599 di Aceh akibat penyakit atau dibunuh oleh penduduk setempat.
Dia dimakamkan di sana tanpa batu nisan atau tanda pengenal.
Cournelis de Houtman adalah sosok yang kontroversial dalam sejarah Nusantara.
Bagi Belanda, dia adalah pahlawan yang membuka pintu bagi kemakmuran dan kejayaan mereka di Asia.
Bagi Nusantara, dia adalah penjajah yang membawa bencana dan penindasan bagi rakyatnya.