Dia sempat mengalami hal kurang menyenangkan saat menjadi pelatih, yakni tak digaji selama 20 bulan pada September 2011 saat menangani timnas Indonesia U-16.
Pada 2012, Indra ditunjuk menjadi pelatih timnas U-19.
Timnas Indonesia saat itu berhasil menjuarai Piala AFF U-19 tahun 2013.
Yang juga tak banyak orang tahu, Indra Sjafri ternyata seorang pegawai BUMN di PT Pos Indonesia cabang Padang.
Dia sempat direkrut oleh Bali United pada akhir 2014 dan berhasil menemukan sejumlah nama potensial.
Selanjutnya pada 2017-2018, Indra kembali melatih timnas U-19.
Pada 2019, ia juga resmi melatih timnas U-22 dan U-23.
Saat itu ia berhasil mengantar tim Garuda Muda meraih Piala AFF U-22 pada 2019.
Adapun untuk ajang SEA Games 2023, Indra resmi ditunjuk sebagai pelatih timnas sejak 31 Januari 2023.
Penunjukan tersebut dilakukan berdasarkan hasil rapat Komite Eksekutif PSSI pada 30 Januari 2023.