Dia memulai karier saat masuk tim junior PSP Padang pada 1981.
Selanjutnya pada 1986 ia menjalani debut tim senior saat usianya 23 tahun.
Karirnya sebagai pemain sepak bola tak cukup menonjol.
Indra Sjafri menjadi pemain PSP Padang selama lima tahun dan pensiun pada tahun 1991.
Saat masih berkarir menjadi pemain, Indra pernah ikut tes tim pra PON Sumatera Barat pada 1985, namun tak lolos.
Saat itu ia kecewa karena banyak pemain muda potensial yang juga tak lolos seleksi.
Sejak saat itu, Indra bertekad menjadi pelatih dan mencari bibit muda berkualitas.
Guna menjadi pelatih profesional, ia banyak mengikuti kursus pelatihan.
Pada 1997, ia mendapat lisensi C AFC lalu naik ke level B pada 1998, dan level A pada 1999.
Pada 2007, Indra menjadi instruktur dan pemandu bakat PSSI.
Indra kemudian diangkat menjadi pelatih timnas Indonesia pada 2011.
Indra berhasil membawa juara timnas muda dalam The HKFA (Hongkong Football Association) International Youth Invitational Tournament U-17 dan The HKFA U-19.