Konflik dan intrik berdarah ternyata tidak berhenti.
Kondisi yang berbalik seratus delapan puluh derajat ini menyebabkan Adipati Anom menjadi ketakutan.
Kali ini konflik turut menyeret Kasunanan Surakarta dan Kadipaten Mangkunagaran.
Setelah ibundanya ditahan oleh Sultan Sepuh karena dianggap ikut memengaruhi Adipati Anom, Adipati Anom bekerja sama dengan Kapten Tan Jin Sing menemui John Crawford, residen Inggris untuk Yogyakarta.
Dari hasil pertemuannya Crawford dalam suratnya kepada Raffles mengusulkan Adipati Anom diangkat lagi menjadi sultan.
Dalam surat itu pula Notokusumo diusulkan menjadi Pangeran Merdika.
Akhirnya diusulkan Raffles datang ke Yogyakarta dengan membawa pasukan untuk berperang.
Versi II:
Segera setelah penyerahan kekuasaan dari Belanda-Perancis kepada Inggris, Hamengkubuwana II kembali mengambil alih tahta dari putranya.
Kepada pemerintah Inggris Sultan mengusulkan beberapa tuntutan, di antaranya, pembayaran kembali uang ganti rugi daerah pesisiran yang diambil Belanda, penyerahan makam-makam leluhur, dan diserahkannya Pangeran Natakusuma dan putranya Natadiningrat.
Oleh Raffles HB II dibiarkan dalam kedudukannya dan bahkan diperkuat kedudukannya.
Tuntutan Sultan untuk membebaskan kedua kerabatnya dipenuhi.