Sehingga akhirnya mereka berdamai dengan perantaraan VOC pada tahun 1681 Masehi.
Namun, damai ini juga tidak bertahan lama.
Pada tahun 1686 Masehi, Pakubuwono I kembali memberontak dan menyerang istana Kartasura, ibu kota baru Mataram Islam yang dibangun oleh Sunan Amangkurat II.
Perang saudara ini berakhir dengan kematian Pakubuwono I pada tahun 1690 Masehi.
Peristiwa-peristiwa ini menyebabkan kerusakan besar bagi Mataram Islam, baik secara fisik maupun politik.
Istana-istana yang dibangun dengan mewah menjadi sasaran serangan dan pembakaran.
Rakyat menderita akibat perang dan kelaparan. Kekuasaan raja melemah dan tergantung pada VOC.
Wilayah-wilayah di luar Jawa mulai melepaskan diri dari Mataram Islam.
Akhirnya, pada tahun 1755 Masehi, Mataram Islam terpecah menjadi dua kerajaan, yaitu Surakarta dan Yogyakarta, setelah Perjanjian Giyanti.
Sekarang, istana Pleret hanya tinggal puing-puing yang tersebar di Desa Kauman, Kecamatan Pleret, Kabupaten Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta.
Baca Juga: Misteri Pertapaan Kembang Lampir, Tempat Suci yang Menyimpan Rahasia Kerajaan Mataram Islam
Situs ini masih menjadi objek penelitian arkeologis untuk mengungkap sejarah dan misteri Mataram Islam.
Beberapa temuan menarik di situs ini antara lain saluran air kuno yang terbuat dari tanah liat, yang menunjukkan adanya sistem irigasi dan taman air di istana ini.
Situs ini juga menjadi jejak kejayaan dan misteri Mataram Islam yang pernah berjaya di Nusantara.