Ia memiliki saudara angkat bernama Ki Panjawi yang juga belajar bersamanya.
Keduanya menjadi pendekar handal dan berbakti kepada Sultan Hadiwijaya atau Jaka Tingkir, raja Pajang yang menggantikan Demak.
Pada tahun 1556, Sultan Hadiwijaya memberi mandat kepada Ki Ageng Pamanahan untuk membuka hutan Mentaok yang terletak di Kotagede, Yogyakarta saat ini.
Hutan Mentaok adalah hutan lebat yang dipenuhi binatang buas dan makhluk halus.
Ki Ageng Pamanahan bersama putranya, Raden Ngabehi Saloring Pasar, dan para pengikutnya berhasil membersihkan hutan tersebut dan mendirikan sebuah desa yang dinamai Mataram.
Desa Mataram kemudian berkembang menjadi pusat pemerintahan baru.
Ketika Kerajaan Pajang mulai melemah akibat perselisihan antara Sultan Hadiwijaya dengan Arya Penangsang, raja Jipang yang merupakan musuh bebuyutan Demak.
Ki Ageng Pamanahan mendukung Sultan Hadiwijaya dan ikut berperang melawan Arya Penangsang.
Ki Ageng Pamanahan juga membina hubungan baik dengan Sunan Kalijaga, salah satu wali Songo yang menyebarkan Islam di Jawa.
Sunan Kalijaga memberi gelar Kyai Gede Mataram kepada Ki Ageng Pamanahan sebagai penghargaan atas jasanya dalam membangun Mataram dan menyebarkan Islam.
Ki Ageng Pamanahan meninggal pada tahun 1584 dan dimakamkan di Pasarean Mataram, Kotagede.
Baca Juga: Perang Suksesi Jawa II, Gejolak Terbesar Mataram Islam, Berawal Dari Amangkurat IV Yang Pro-VOC
Ia digantikan oleh putranya, Raden Ngabehi Saloring Pasar, yang kemudian naik takhta sebagai raja pertama Mataram dengan gelar Panembahan Senapati.