1. Pemberontakan Pangeran Alit (1648), adik kandung Amangkurat I yang didukung oleh Tumenggung Wiraguna, seorang abdi dalem senior yang pernah berseteru dengan Amangkurat I karena masalah perselingkuhan.
Pemberontakan ini berhasil dipadamkan oleh Amangkurat I dengan bantuan Tumenggung Martapura. Pangeran Alit dan Wiraguna kemudian dibunuh.
2. Pemberontakan Raden Kajoran (1655), seorang bangsawan Mataram yang memiliki hubungan kekerabatan dengan Sunan Giri, pemimpin spiritual Islam di Jawa Timur.
Raden Kajoran menentang kebijakan Amangkurat I yang menghentikan pengiriman upeti ke Sunan Giri dan mencoba untuk menguasai wilayah Jawa Timur.
Pemberontakan ini berhasil dipadamkan oleh Amangkurat I dengan bantuan Tumenggung Martapura dan Tumenggung Surawijaya.
Raden Kajoran kemudian ditawan dan dibunuh.
3. Pemberontakan Trunajaya (1674-1677), seorang penguasa Madura yang memiliki hubungan kekerabatan dengan Sunan Giri dan Raden Kajoran.
Trunajaya menentang kebijakan Amangkurat I yang mengintervensi urusan Madura dan mencoba untuk menguasai wilayah Jawa Timur.
Trunajaya juga didukung oleh para pengungsi Mataram yang tidak puas dengan pemerintahan Amangkurat I.
Pemberontakan ini merupakan pemberontakan terbesar dan terberhasil yang pernah dihadapi oleh Amangkurat I.
Trunajaya berhasil merebut Keraton Plered, ibu kota Mataram pada tahun 1677 dan membakarnya hingga rata dengan tanah.
Baca Juga: Kisah Pembangkangan Pangeran Sambernyawa, Sosok Pangeran Mataram Islam Yang Paling Bernyali
Amangkurat I terpaksa melarikan diri ke arah barat untuk meminta bantuan VOC (Belanda).
Namun, ia meninggal dalam perjalanan di Wanayasa, Banyumas pada tahun 1677.
Ia kemudian dimakamkan di Pasarean Tegalarum, Adiwerna, Tegal dengan gelar anumerta Sunan Tegalarum atau Sunan Tegalwangi.