Pasukan Makassar adalah bekas tentara Kerajaan Gowa-Tallo yang telah dikalahkan oleh VOC dan sekutu-sekutunya dalam Perang Makassar (1666-1669).
Mereka mencari tempat berlindung dan bergabung dengan Trunojoyo untuk melawan VOC dan Mataram.
Pemberontakan Trunojoyo bergerak dengan cepat dan berhasil menguasai hampir seluruh pantai utara Jawa.
Pada tahun 1677, pasukan Trunojoyo mengepung dan merebut ibu kota Mataram di Plered.
Amangkurat I terpaksa melarikan diri bersama putra sulungnya, Amangkurat II, menuju Batavia untuk meminta bantuan VOC.
Dalam perjalanan, Amangkurat I meninggal karena sakit di Tegal.
Amangkurat II kemudian meneruskan perjalanan dan berhasil mendapatkan bantuan VOC dengan imbalan uang dan wilayah.
Sementara itu, Trunojoyo menyatakan dirinya sebagai raja baru di Mataram dengan gelar Panembahan Maduretna Panatagama.
Dia memindahkan ibu kota ke Kediri dan berusaha membangun pemerintahan yang berdasarkan pada syariat Islam dan adat Madura.
Namun, dia tidak mampu mengendalikan daerah-daerah yang telah direbutnya karena kurangnya sumber daya dan administrasi yang baik.
Dia juga menghadapi perlawanan dari beberapa pihak, seperti Pangeran Puger (adik Amangkurat II) yang mengklaim sebagai raja sah di Plered, Bupati Ponorogo yang setia kepada Mataram, dan Arung Palakka (pemimpin Bugis) yang bersekutu dengan VOC.